包括聚类分析和决策树分析，核心的研究问题，所研究的总体具有异质性，因而需要用不同的统计模型加以描述。与潜类分析具有共性。
| 软件 | 主要功能 | 版本 | 平台 | 备注 |
| AutoClass C | 寻求最大后置概率的Bayes分类系统。 | 3.3.3 | win9.x | 有源程序 |
| 采用Tree、Cart和Chaid三种方案进行聚类分析，是Chaid的升级版本。 | 2.1 | win.9x |
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| BioMatrix | 聚类分析。 | 3.0 | dos | |
| 基于决策树的聚类分析。 | 4.5 |
| C源程序。 | |
| 采用Cart算法进行聚类分析。 | 4.0 | win9.x |
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| CLUSFIND | 稳健聚类分析。 |
| dos | 免费软件，有源程序。 |
| ClustanGraphics | 层序或非层序的聚类分析软件，最专门的软件。 | 5.0 | win9.x | |
| Cluster | 层序聚类分析。 | 2.97 | dos | C源程序。 |
| 美国毒品和疾病登记机构的流行病学的时间和空间聚类分析程序。 | 3.1 | dos | ||
| ClusterSenses | 软分配聚类模型。 |
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| COMPAH | Combinatorial Polythetic Agglomerative Hierarchical clustering的简称。 | 96 | dos | 免费软件 |
| ConClus | 约束聚类分析，对大样本数据 进行验证性聚类分析、典型聚类分析，同时可以进行因子分析和量表分析，可以加权变量和个案、可以引入约束，并可以处理缺失值。 | 3.0 | win3.x | 有试用版下载。虽然商家自称是32位软件，但在PII以上的机器上出现运行错误，实际为16位1软件。 |
| FCLUSTER | 模糊聚类分析 |
| Linux | |
| 聚类变量可以是定类和定距变量，包含潜类分析和局域分析。 | free | dos |
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| 可以对不完全数据进行分类研究，不假定任何缺失值机制。 |
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| 基于拟然率的非参数内核平滑分类或判别分析。 | 1.0 | win9.x | ||
| 多元正态分布的混合聚类分析。 | 2.1 | dos |
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| SPSS公司的tree分类软件，已经由AnwserTree替代。 |
| win3.1 |
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| RoC is a Bayesian supervised classifier able to handle incomplete databases with no assumption about the missing data mechanism. The main capabilities of RoC are: - Estimation of conditional probability distributions from incomplete data. - Class membership prediction. - Unsupervised discretization. - Treatment of incomplete cases with no assumption about the missing data mechanism. - A cross validation facility included. - Automated definition of classes and attributes from data. - Easy-to-use wizard interface. - On screen context sensitive help. |
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