1980年1月18日建所后，社会学所最初设立了二个研究组：社会组与人口组，1981年人口组整体调出；社会组分为：社会理论组，婚姻家庭组，城乡组。
1983年正式成立了3个研究室：社会学理论研究室，张之毅任室主任；城乡研究室，张雨林任室主任，王晓义任副主任；家庭婚姻研究室，刘英任室主任；另设编译室，王育民、陈一筠任副主任；并开始筹建社会心理学研究室。
1985年1月，青少年研究所并入社会学研究所，重新调整了机构设置，设6个研究室：社会学理论研究室，宋家鼎任主任，杨雅彬任副主任；城乡研究室更名为城乡发展研究室，朱庆芳任主任，李汉林任副主任；家庭婚姻研究室更名为生活方式与婚姻家庭研究室，刘英任主任，马有才任副主任；青少年研究室，谢昌逵任主任，单光鼐任副主任；社会心理学研究室，徐凤姝任主任，李庆善任副主任；国外社会学研究室，刘成彬、陈一筠任副主任。
1988年对部分处室领导做了调整：社会学理论研究室，苏国勋任主任；生活方式与婚姻家庭研究室，戴可景任主任；社会心理学研究室，李庆善任主任；青少年研究室，楼静波任主任。
1989年增设农村社会学研究室，张厚义任主任。
1991年增设工业社会学研究室，并调整部分研究室名称。生活方式与婚姻家庭研究室改为家庭社会学研究室，城乡发展研究室改为城市社会学研究室。全所共设7个研究室：社会学理论研究室，苏国勋任主任，张旅平任副主任；家庭社会学研究室，马有才任副主任（后任主任）；城市社会学研究室，朱庆芳任主任，折晓叶任副主任；青少年研究室，楼静波任主任，单光鼐任副主任；社会心理学研究室，李庆善任主任，邵道生任副主任；农村社会学研究室，张厚义任主任；工业社会学研究室，李培林任副主任。同年，撤销国外社会学研究室。
1994年，增设社会学调查与方法研究室。全所共设8个研究室，社会学理论研究室，苏国勋任主任，张旅平任副主任；家庭社会学研究室，马有才任主任，李银河任副主任（1996年李银河任主任，王震宇任副主任）；城市社会学研究室，李汉林任主任，折晓叶任副主任；青少年研究室，单光鼐任主任，陆建华任副主任；社会心理学研究室，李庆善任主任，杨宜音任副主任；农村社会学研究室，张厚义任主任，陈斗仁、牛凤瑞任副主任；工业社会学研究室，黄平、石秀印任副主任；社会学调查与方法研究室，沈崇麟任主任。
1999年，增设社会保障研究室，后改为社会政策研究室。全所共设9个研究室，其中，社会心理学研究室，杨宜音任主任；社会政策研究室，杨团任主任；其他研究室不变，原主任（副主任）连任。
2000年，农村社会学研究室与工业社会学研究室合并，更名为农村与产业社会学研究室，王晓毅任主任。
2002年，部分处室领导调整。张旅平任社会学理论研究室主任，渠敬东任副主任；陈午晴任社会心理学研究室副主任；王春光任农村与产业社会学研究室副主任。
2003年12月增设社会人类学研究室，调整部分研究室名称。社会学理论研究室更名为社会理论研究室，家庭社会学研究室更名为家庭与性别研究室，城市社会学研究室更名为组织与社区研究室，青少年研究室更名为青少年与社会问题研究室。全所共设9个研究室，社会理论研究室，张旅平任主任；家庭与性别研究室，李银河任主任，王震宇任副主任；组织与社区研究室，折晓叶任主任；青少年与社会问题研究室，陈昕任主任，吴小英任副主任；社会心理学研究室，杨宜音任主任，陈午晴任副主任；农村与产业社会学研究室，王晓毅任主任，王春光任副主任；社会学调查与方法研究室，陈婴婴任主任；社会政策研究室，杨团任主任；社会人类学研究室，罗红光任主任。
2006年新增设社会发展研究室，陈光金任主任，李炜任副主任。葛道顺任社会政策室副主任，夏传玲任社会学调查与方法研究室副主任。
2009年2月，处室主任换届调整。至此，全所共有10个研究室，即：社会理论研究室，张旅平任主任；家庭与性别研究室，吴小英任主任；组织与社区研究室，王颖任主任，沈红任副主任；青少年与社会问题研究室，陈昕任主任，李春玲任副主任；社会心理学研究室，杨宜音任主任，李原任副主任；农村与产业社会学研究室，王晓毅任主任；社会学调查与方法研究室，夏传玲任主任；社会政策研究室，王春光任主任，葛道顺任副主任；社会人类学研究室，罗红光任主任；社会发展研究室，李炜任主任。
截止到2018年底，中国社会科学院社会学研究所机构设置如下：
所 长：陈光金
党委书记、副所长：穆林霞
纪委书记、副所长：王春光
学术委员会
主 任：陈光金
副主任：孙壮志
委 员：（按姓氏笔划排序）
王延中、王春光、王俊秀、王晓毅、李春玲、李培林、吴小英、张 翼、张旅平、罗红光、夏传玲
高级专业职称评审委员会
主 任：陈光金
委 员：（按姓氏笔划排序）
王天夫、王春光、王俊秀、王晓毅、尹虎彬、刘 能、李春玲、李培林、吴小英、张 翼、陆益龙、赵延东、夏传玲、龚维斌
社会理论研究室
副主任：赵立伟（主持工作）
成 员：何 蓉（女）、陈 涛
社会调查与方法研究室
主 任：夏传玲
副主任：赵联飞
成 员：赵 锋、马 妍（女）、徐法寅
家庭与性别研究室
主 任：吴小英（女）
副主任：马春华（女）
成 员：张丽萍（女）、陈午晴、施芸卿（女）、 杭苏红（女）
组织与社区研究室
副主任：肖 林（主持工作）
成 员：史云桐（女）、向静林、刘怡然（女）
青少年与社会问题研究室
主 任：李春玲（女）
成 员：吕 鹏、朱 迪（女）、孟 蕾（女）、刘保中、 龚 顺
农村与产业社会学研究室
副主任：张 浩（主持工作）、张 倩（女）
成 员：王晓毅、荀丽丽（女）、张劼颖（女）、徐宗阳
社会发展研究室
主 任：李 炜
副主任：邹宇春（女）
成 员：范 雷、任莉颖（女）、崔 岩、田志鹏
社会政策研究室
副主任：房莉杰（女）（主持工作）、王 晶（女）
成 员：阎 明（女）、梁 晨（女）、李振刚、 张文博（女）
社会心理学研究室
主 任：王俊秀
副主任：李 原（女）
成 员：应小萍（女）、陈满琪（女）、高文珺（女）、谭旭运
社会人类学研究室
副主任：吴 乔（主持工作）、李荣荣（女）
成 员：鲍 江、郑少雄、林 红（女）
廉政建设与社会评价研究室
主 任：蒋来用
成 员：于 琴（女）
《社会学研究》编辑部
主 任：杨 典
副主任：张志敏（女）
成 员：杨 可（女）、梅 笑（女）、林 叶（女）
《青年研究》编辑部
副主任：张芝梅（女）（主持工作）
成 员：石金群（女）、王 兵
行政办公室（含人事、党办）
主 任：吕红新（女）
成 员：夏 勤（女）（正处级调研员）、周 谦（副处级调研员）、魏晓雷、杨晶晶（女）、张 佳、 孔鑫源（女）
科研组织处（含信息网络中心）
副处长：刁鹏飞（主持工作）、傅学军
成 员：殷 维、李 乐、黄丽娜（女）、宋 煜